Covid : on en sait plus sur le variant XD, recombinant de Delta et Omicron, qui fait l’objet d’un suivi renforcé en France

Covid : on en sait plus sur le variant XD, recombinant de Delta et Omicron, qui fait l'objet d'un suivi renforcé en France
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La variante BA.2 d’Omicron, majoritaire en France, n’est pas la seule variante du Covid en circulation. La variante XD, bien qu’ultra minoritaire, fait l’objet d’une surveillance renforcée par les autorités de santé.

2019, le coronavirus a montré sa faculté à s’adapter grâce à une succession de variantes qui parfois se recombinent ensemble. C’est le cas de Delta et Omicron, ex-Deltacron, rebaptisé XD. Selon le dernier bulletin épidémiologique publié par la Haute Autorité de Santé le 24 mars, 44 séquences ont été détectées en Francedont 21 au cours d’enquêtes Flash.

“Ces séquences correspondantes à des cas provenant de plusieurs régions et remontant à début janvier 2022, ce qui suggère une circulation de ce recombinant à des niveaux faibles depuis plusieurs semaines.” “Très peu de données sont disponibles sur les caractéristiques du variant XD, mais des investigations sont en cours”, précise la HAS.

En janvier 2022, le biochimiste Leondios Kostrikis révélait avoir découvert ce variant hybride entre Delta et Omicron. 25 cas avaient été identifiés à Chypre dont les séquences avaient été envoyées sur la base de données internationales Gisaid début janvier. Contestée dans un premier temps, cette découverte avait ensuite été réalisée par la communauté scientifique internationale.

Coinfection ou variant hybride ?

Les deux variants infectent une même cellule et diffusent leur patrimoine génétique à l’intérieur. Deux possibilités : soit les deux virus cohabitent, soit ils se recombinent. Un nouveau virus naît, issu de deux plus anciens et différents. En France, seuls 44 cas ont été détectés lors des séquençages du virus. « La majorité de son génome correspond au variant Delta mais une large portion du gène S correspond au variant Omicron (sous-lignage BA.1) », explique encore la HAS. Ces cas de variants hybrides sont scrutés par les laboratoires du consortium EMERGEN, Santé publique France et le Centre national de référence des virus des infections respiratoires à Lyon.

« Depuis fin 2021, une vague Omicron s’est superposée avec une vague Delta dans plusieurs régions du monde. Cette co-circulation de deux variantes à une échelle importante augmente la probabilité de co-infections et donc celle de recombinants. Plusieurs suspicions de recombinants Delta/Omicron ont été rapportées récemment au Royaume-Uni, aux Etats-Unis et en Australie, et d’autres sont en cours d’investigation », rapporte la Haute autorité de Santé.

Des symptômes atypiques ?

Les symptômes ne se distinguent pas spécialement par rapport à une contamination classique du coronavirus. Fatigue importante, toux, fièvre, maux de tête, courbatures, maux de gorge, nez qui coule, nausées, et plus rarement difficultés à respirer et perte de goutte et de l’odorat. Samedi 26 mars, 139 517 nouveaux cas positifs ont été remplacés en France.

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